分析技術

デジタルシークエンスを用いたctDNA^*解析　＊：循環腫瘍DNA

デジタルシークエンシングを用いたctDNA解析のプロセス

末梢血（全血）からcfDNAを抽出後（A）、多種類の既知配列のオリゴヌクレオチドアダプター（分子バーコード）を両末端に高効率で付与することで、1分子ごとに固有の標識をし（B）、シークエンスライブラリーを構築します（C）。ハイブリッドキャプチャーによりシークエンスライブラリーを濃縮後、平均深度約15,000×でシークエンシングします（D）。シークエンス情報をリファレンスゲノムにマッピングします。バイオインフォマティクスにて、一本鎖ごとに識別された分子バーコード情報を使ってエラーを排除します（E）。体細胞系列の遺伝子異常を生殖細胞系列の変異から切り分けて同定し、臨床的意義・治療オプションとともに最終報告書が作成されます（F）。

Reprinted from Clin Cancer Res. 2018; 24(15): 3539-3549, Odegaard JI, et al., Validation of a Plasma-Based Comprehensive Cancer Genotyping Assay
Utilizing Orthogonal Tissue- and Plasma-Based Methodologies, copyright 2018, with permission from AACR.
著者にガーダントヘルスの株式を所有する者、同社から研究助成金を受領している者および同社の従業員等が含まれる。

ctDNA解析の技術的な性能特性

Adapted from Clin Cancer Res. 2018; 24(15): 3539-3549, Odegaard JI, et al., Validation of a Plasma-Based Comprehensive Cancer Genotyping Assay
Utilizing Orthogonal Tissue- and Plasma-Based Methodologies, copyright 2018, with permission from AACR.

臨床への応用

成人進行性固形がん患者10,593例から採取した血液検体を用いた試験では、高い解析成功率（99.6％）および感度（ctDNA検出率：85.3％）が示されました（A、B）。FDA承認された適応治療オプションがある遺伝子異常は16.7％（A）、治療法があるか臨床試験に関連する遺伝子異常は72.0％に認められ、高い潜在的治療可能性が示されました。多くの遺伝子異常がごく少量でしか検出されないため（MAF中央値：0.46％）（C）、高感度の診断法の必要性が示されました。検出された遺伝子異常は、以前の報告とほぼ一致していました（D）。大腸がん患者の66.7％が抗EGFR抗体療法への耐性に関連する遺伝子異常を有し、そのうち54.9％のみが一般的なKRAS検査で検出可能でした（E）。非小細胞肺がんでは、薬剤の標的となる1つ以上の遺伝子異常が認められた割合は34.5％でした（F）。

Reprinted from Clin Cancer Res. 2018; 24(15): 3539-3549, Odegaard JI, et al., Validation of a Plasma-Based Comprehensive Cancer Genotyping Assay
Utilizing Orthogonal Tissue- and Plasma-Based Methodologies, copyright 2018, with permission from AACR.